目的:建立基于二维液相色谱法的三维分离小胶质细胞蛋白质组的方法.方法:将小胶质细胞裂解后制备全细胞蛋白,在传统的一维HPCF、二维HPRP分离后,增加了三维SDS-PAGE电泳,对小胶质细胞实现了三维分离.结果:经过优化后的三维分离,小胶质细胞全蛋白按照pH值由高到低的顺序分为34个组分,其中pH 8.5～4.0的部分包含16个组分,每一个组分又包含若干种蛋白质.结论:同传统的二维液相色谱分离方法相比,改进后的三维分离方法对小胶质细胞全蛋白具有更彻底、更好的分离效果,为后续的质谱鉴定提供了分离度更好的样品.