2018年
获中国高校百佳科技期刊
获上海市精品科技期刊
2016年
2篇论文被评为“中华医学百篇优秀论文”
获中国高校优秀科技期刊奖
获第二届上海市高校精品科技期刊奖
2015年
被评为“版权与伦理工作规范单位”
被评为“RCCSE中国核心学术期刊（A）”
2014年
获第五届中国高校优秀科技期刊奖
获中国高校医学期刊最佳实践奖
获首届上海市高校精品科技期刊奖
2013年
被评为“军队院校期刊优秀团体”
获第二届中国高校科技期刊优秀网站奖
被评为“RCCSE中国权威学术期刊”
2012年
获第四届中国高校精品科技期刊奖
2011年
被评为“中国科技论文在线优秀期刊”
被评为“中国百种杰出学术期刊”
被评为“中国精品科技期刊”
被评为“中国高校科技期刊优秀团队”
2010年
获上海市科技期刊审读优秀奖
获第三届中国高校精品科技期刊奖
获第五届全军医学期刊质量评比优秀奖
2009年
获中国高校科技期刊优秀编辑质量奖
2008年
被评为首批“中国精品科技期刊”
获第二届中国高校精品科技期刊奖
2006年
获全国高校优秀科技期刊评比一等奖
获首届中国高校精品科技期刊奖
2005年
被评为“高校科技期刊先进集体”
获第三届国家期刊奖提名奖
2004年
获第四届全军医学期刊质量评比优秀奖
2002年
获第二届国家期刊奖百种重点期刊奖
2000年
获首届《CAJ-CD规范》执行评优活动执行优秀奖
1999年
按1999年科技期刊影响因子排序获获高校学报科技期刊第三名
获上海高校优秀自然科学学报评比一等奖
获全国高校自然科学学报及教育部优秀科技期刊评比二等奖
1997年
获上海科技期刊评比二等奖
1995年
获上海市高校自然科学学报评比优秀学报奖
获全国高校自然科学学报系统优秀学报评比二等奖
1992年
获上海市优秀自然科学技术期刊
1989年
获上海市高校（自然科学）学报编辑质量评比一等奖
获全国高校自然科学学报质量评比一等奖
获全国高等医药学院学报质量评比优秀学报一等奖
