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3’末端碱基游移混合引物提高多变区基因片段PCR检测的阳性率(英文)
徐文胜;缪晓辉;吴文雅;郝勇
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(第二军医大学长征医院感染科,第二军医大学长征医院感染科,第二军医大学长征医院感染科,第二军医大学长征医院感染科 上海 200003 ,上海 200003 ,上海 200003 ,上海 200003)
摘要:
目的:通过使用3’末端碱基游移混合引物,减少引物末端错配,提高多变区基因片段的PCR检测阳性率。方法:在HBV DNA P基因区设计一对检测阳性率相对较高的引物(原型引物),在原型引物序列基础上将两根引物的3’末端分别截去1个或2个碱基,设计出两对参数与原型引物近似的突变引物。分别单独用原型引物和原型引物与突变引物组成的混合引物,在相同条件下对27份HBV DNA阳性标本行PCR,比较二者阳性率。用混合引物扩增4例拉米呋丁治疗无效患者血清HBV DNA,将扩增产物测序并评价3’末端错配对PCR的影响。结果:原型引物和混合引物检测阳性率分别为70.4%(19/27)和85.2%(23/27),两者差异非常显著(P<0.05)。引物3’末端错配能导致PCR假阴性。结论:扩增保守性相对较差的基因片段,采用3’末端单个或多个碱基截短的引物,构成3’末端碱基游移混合引物,可以避免因3’末端错配产生的PCR假阴性,提高检测阳性率。
关键词:  引物  错配  聚合酶链反应  假阴性
DOI:
基金项目:
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